Desta vez esteve uns 14 anos sem vir ao reino, para onde embarca em Goa nos fins de 1687. Foi recebido pelo Rei, que o não queria deixar partir de novo, mas, depois de recrutar missionários e ter estado em Portalegre, onde visitou sua mãe e se encontrou com o Bispo de Évora, D. João de Mascarenhas, ainda vai a Roma e volta a seguir de novo para a Índia a cumprir a altíssima missão a que se impusera para o serviço de Deus. Aí morreu às mãos dos  infiéis em Fevereiro de 1693. 

Corria-lhe nas veias, por sua virtuosa mãe, sangue de castelovidenses de nobre nascimento, razão porque incluimos São João de Brito nestas efemérides.